המשרד להגנת הסביבה מתנגד נחרצות להצעת ההחלטה של שר הפנים, ורואה בה השתלטות של משרד הפנים על כספי קרן הניקיון, אשר לא רק שלא תקדם את מטרות הקרן והטיפול בפסולת מדינת ישראל, אלא אף תפגע בהן פגיעה קשה. הצעת ההחלטה הועברה לייעוץ המשפטי במשרד ללא שום ניסיון לתיאום והגעה להסכמות וללא כל דיון מקצועי עם אנשי במשרד.
מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה, גיא סמט: "המשרד להגנת הסביבה מתנגד להצעת ההחלטה של שר הפנים, וקורא לדיון מקצועי על דרכי הפעולה הנכונות לשימוש יעיל בכספי קרן הניקיון לקידום נושאי הגנת הסביבה בכלל וקידום הטיפול בפסולת בפרט. המשרד להגנת הסביבה הוא הגורם האחראי בממשלה ליישום מדיניות הטיפול בפסולת ופועל במגוון רחב של תחומים לקידום הנושא ובכלל זה רגולציה, פיקוח ואכיפה, שיתופי פעולה, הקניית ידע מקצועי ותמיכות כלכליות הן ליזמים בתחום והן לרשויות המקומיות. למיטב ידיעתנו, אין אפילו גורם אחד בתחום הטיפול בפסולת שחושב שההצעה היא על בסיס מקצועי ושהיא תוביל לשיפור המצב. אם יהיה בקרן רוב למשרד הפנים יש משמעות אחת: הכסף עובר מהשקעה בתשתית לאומית למקומות אחרים שלא ברורה השייכות שלהם לעולם התשתית".
כספי חשבון ההטמנה בקרן הניקיון הם כלי העבודה התקציבי הבלעדי למימוש יעדי המדיניות לטיפול בפסולת לצמצום ההטמנה באמצעות הקמת תשתיות מתקדמות ופעולות להפחתה, מחזור והשבה של פסולת.
גיא סמט: "למשרד הפנים אין את הידע המקצועי, האחריות, והסמכות לניהול מדיניות הפסולת ולכן הרוב המוקנה לו על פי הצעת ההחלטה בניהול קרן הניקיון עלול להביא למדיניות הקצאת תקציבים שלא תשרת את קידום המדיניות הטיפול בפסולת והקמת תשתית מתקני הטיפול הנדרשת בפרט".